ガンブラー(Gumblar)が流行している時にFFFTPはセキュアな通信プロトコル(FTPSやSFTP)に対応していませんでした。
しかし、現在のFFFTPは有志により開発継続、バージョンアップが行われFTPS等に対応するようになりました。
(本記事作成日:2013/3/23)
レンタルサーバ会社はFTPSやSFTPを用いたセキュアな通信プロトコルを推奨しています。
有志により開発継続、バージョンアップが行われているFFFTPは以下のURLからダウンロードすることができます。
http://sourceforge.jp/projects/ffftp/
FTPSの設定はホストの設定画面で設定することができます。