TeraTermの設定画面を調べてみてもビープ音の消去がみつからなったので、TeraTermの設定ファイルを直接変更しビープ音が鳴らないようにする方法を以下に記します。
当方のTeraTermはC:\Program Files (x86)\teratermディレクトリに保存されていました。
保存場所を調べる場合は、TeraTermを起動し設定(S)→設定の保存(S)をクリックすれば、保存場所が簡単に見つかると思います。
(上記操作で設定ファイルを保存するわけではなく、保存場所を調べるために操作した手順です。)
; Beep by BEL (on/off/visual) Beep=onを
; Beep by BEL (on/off/visual) Beep=offに変更し保存する
以上の操作でTeraTermのビープ音が鳴らなくなります。