バージョンによっては?「ファイル名をUTF-8でエンコード」がグレーアウトされておりオンにできませんでした。
SFTPにすれば、「ファイル名をUTF-8でエンコード」をオンすることができます。
sshが動作していれば、基本的にはSFTPも動作していると思いますので、SFTPにして
「ファイル名をUTF-8でエンコード」をオンにすれば良いと思います。
WinSCPを利用してLinux(CentOS5.4)に接続した時の資料です。
最近のLinuxではデフォルトの文字コードがUTF-8になっています。(ja_JP.UTF-8)
WinSCPをインストールした状態のままだと日本語名のフォルダを作成したときに文字化けしてしまいます。
以下、WinSCPを操作しLinux側に「日本語フォルダ」とディレクトリを作成した状態です。
以下の設定でWinSCP側およびWindows側で文字化けを発生しないようにします。
WinSCPは以下のURLより入手できます。
http://winscp.net/eng/docs/lang:jp
使用したWinSCPのバージョンは4.2.5です。
下図の赤字を以下の順番で操作し設定を行ってください。